西暦2148年の地球。中国大陸は狼族に占領され、無秩序な状態に陥っている。人狼解放戦線がその発端について調べると、遥か昔の西暦192年頃「三国志」の時代に狼族が暗躍していたことが判明。そのため司令官は、この時代にウルフハンター003を派遣し、時の指導者、董卓(トウタク)の背後にいる人狼を駆逐するという作戦を立てる。003が潜入するのは、長安近くの山寺。ここで董卓の側近の王允(オウイン)が各地の有力な武士たちを集めて、秘密裏に“ある集会”を開くという。この山寺に集まるのは9人、この中に必ず人狼が隠れているはずだ！歴史修正のタイムリミットは96時間。果たして003は時間内に人狼を駆逐することができるのであろうか…。
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